Les destinataires diffèrent entre fonctionnaire et contractuel.
Commencer par l'essentiel
Les quatre repères à connaître
Chaque arrêt ordinaire comporte en principe un jour non rémunéré.
Trois mois à 90 %, puis neuf mois à demi-traitement.
Les congés longs nécessitent généralement l'avis du conseil médical.
Une seule fiche, dans un ordre simple
Comment lire cette page ?
Commencez par identifier votre statut, puis vérifiez l'envoi de l'arrêt, la rémunération du congé ordinaire et les règles des congés longs.
1. Identifier son statut et sa fonction publique
Le terme « agent public » recouvre plusieurs régimes. Avant de calculer la rémunération ou d'envoyer l'arrêt, vérifiez votre statut et votre employeur.
| Situation | Congés principaux | Protection sociale |
|---|---|---|
| Fonctionnaire titulaire ou stagiaire | Congé de maladie (ancien CMO), CLM, CLD et Citis selon la situation. | Traitement maintenu directement par l'administration selon les règles statutaires. |
| Agent contractuel | Congé de maladie et congé de grave maladie. Pas de CLM ni de CLD. | Administration et Sécurité sociale interviennent. Les IJ sont déduites du traitement maintenu. |
| FPE | Fonction publique de l'État. | Certaines rémunérations de CLM et de grave maladie sont plus favorables depuis les réformes récentes. |
| FPT ou FPH | Fonction publique territoriale ou hospitalière. | Les primes et certains taux diffèrent de la FPE et peuvent dépendre d'une délibération. |
Accident de service ou maladie liée au travail ?
Ne vous limitez pas à un congé de maladie. Un fonctionnaire peut relever du
Citis, tandis qu'un contractuel relève des règles d'accident du travail ou de maladie professionnelle.
Les formulaires et les délais sont spécifiques.
Voir la fiche dédiée.
Vérifiez votre fiche de paie ou votre contrat.
Le statut de fonctionnaire titulaire, stagiaire ou contractuel change les destinataires de l'arrêt
et les droits à rémunération.
2. Transmettre l'arrêt dans les 48 heures
| Statut | Destinataire | Volets |
|---|---|---|
| Fonctionnaire | Administration employeur. | Envoyer les volets 2 et 3. Conserver le volet 1 pour un éventuel médecin agréé. |
| Contractuel | CPAM et administration employeur. | Volets 1 et 2 à la CPAM, volet 3 à l'administration. En cas de télétransmission, le médecin remet généralement seulement le volet 3. |
Vérifier la date d'établissement
Le délai de 48 heures commence après l'établissement de l'avis par le médecin, le chirurgien-dentiste ou la sage-femme.
Envoyer les bons volets
Ne transmettez pas à l'administration le volet médical destiné à rester confidentiel.
Conserver une preuve
Gardez l'accusé de réception, le dépôt numérique ou la preuve d'envoi postal.
Envoyer aussi les prolongations
Une prolongation suit le même délai de 48 heures et les mêmes destinataires.
Après un premier envoi tardif, un nouvel envoi tardif dans les 24 mois peut entraîner
une réduction de moitié de la rémunération due entre la date de l'arrêt et sa transmission.
L'hospitalisation ou une impossibilité justifiée peut permettre de dépasser le délai.
Hors hospitalisation, le fonctionnaire qui ne pouvait pas respecter le délai dispose de 8 jours
après l'établissement de l'arrêt pour justifier cette impossibilité.
3. Comprendre le congé de maladie du fonctionnaire
Ce congé était auparavant appelé congé de maladie ordinaire (CMO). Ce sigle reste encore souvent utilisé dans les échanges avec les agents.
| Élément | Règle 2026 |
|---|---|
| Durée maximale | Un an au cours d'une période de 12 mois consécutifs. |
| Traitement indiciaire | 90 % pendant 3 mois, puis 50 % pendant 9 mois. |
| Calcul des droits | Décompte jour par jour en tenant compte des congés accordés au cours des 365 ou 366 jours précédents. |
| Jour de carence | Premier jour non rémunéré lors de chaque arrêt, sauf exception. |
| Indemnité de résidence et SFT | Maintenus à 100 % pendant le congé. |
| NBI | 90 % pendant 3 mois, puis 50 % pendant 9 mois. |
Primes :
en FPE, elles suivent en principe le traitement, soit 90 % puis 50 %.
En FPT, leur maintien dépend de la délibération de la collectivité.
En FPH, l'indemnité de sujétion spéciale suit le taux de 90 % puis 50 %.
Le jour de carence ne s'applique notamment pas au CLM, au CLD, au Citis,
à certaines prolongations après une reprise de 48 heures maximum,
ni aux arrêts successifs pour une même ALD après le premier jour de carence pendant trois ans.
4. Distinguer le CLM et le CLD du fonctionnaire
| Congé | Conditions | Durée | Traitement indiciaire |
|---|---|---|---|
| CLM | Maladie invalidante, soins prolongés et impossibilité d'exercer les fonctions. La liste officielle n'est pas limitative. | 3 ans maximum, par périodes de 3 à 6 mois. | FPE : 100 % pendant 1 an, puis 60 % pendant 2 ans. FPT et FPH : 100 % pendant 1 an, puis 50 % pendant 2 ans. |
| CLD | Cancer, déficit immunitaire grave et acquis, maladie mentale, tuberculose ou poliomyélite. | 5 ans maximum, par périodes de 3 à 6 mois. | 100 % pendant 3 ans, puis 50 % pendant 2 ans. |
Le CLD est généralement proposé après la première année de CLM à plein traitement.
Demander à rester en CLM peut empêcher ensuite l'accès au CLD pour la même pathologie
tant qu'une reprise d'au moins un an n'a pas eu lieu.
Demander un CLM ou un CLD
Écrire à l'administration
Pour un CLM, joignez la demande et le certificat médical sous pli confidentiel. Pour un CLD, adressez une demande accompagnée d'un certificat médical, sans détailler le diagnostic dans votre courrier administratif.
Transmettre les éléments médicaux séparément
Le médecin traitant adresse au secrétariat du conseil médical un résumé et les pièces justifiant la demande.
Attendre l'avis du conseil médical
La première mise en congé est décidée après son avis. Vous pouvez consulter le dossier, présenter des observations et être accompagné.
Demander les renouvellements
Au-delà de la période rémunérée à plein traitement, l'avis du conseil médical redevient nécessaire.
Primes en CLM :
FPE : 33 % la première année puis 60 % les deux suivantes.
FPT : maintien ou suspension fixé par délibération.
FPH : l'indemnité de sujétion spéciale est versée à 100 % puis 50 %.
5. Vérifier les droits du contractuel
| Situation | FPE | FPT et FPH |
|---|---|---|
| Congé de maladie rémunéré | Après 4 mois de services : 90 % pendant 3 mois puis 50 % pendant 9 mois. | Après 4 mois : 30 jours à 90 % puis 30 jours à 50 %. Après 2 ans : 60 jours puis 60 jours. Après 3 ans : 90 jours puis 90 jours. |
| Congé de grave maladie | Après 4 mois de services. 3 ans maximum : 100 % pendant 1 an puis 60 % pendant 2 ans. | Après 3 ans de services. 3 ans maximum : 100 % pendant 1 an puis 50 % pendant 2 ans. |
| Indemnités journalières | IJ de la Sécurité sociale déduites du traitement maintenu. | IJ de la Sécurité sociale déduites du traitement maintenu. |
| Ancienneté insuffisante | Congé non rémunéré possible et IJ si les conditions de la Sécurité sociale sont remplies. | Congé rémunéré ou non selon l'ancienneté et IJ si les conditions sont remplies. |
Le contractuel ne bénéficie pas du CLM ni du CLD.
Pour une maladie grave, il doit demander un congé de grave maladie,
qui nécessite l'avis du conseil médical.
Le contractuel doit informer à la fois son administration et la CPAM.
Les IJ comportent un délai de carence de trois jours, tandis que le maintien administratif
comporte un jour de carence : les sommes sont ensuite coordonnées.
6. Respecter les contrôles et préparer la reprise
🩺 Contrôles médicaux
L'administration peut demander une contre-visite ou un examen par un médecin agréé. Le refus peut interrompre la rémunération.
🏠 Changement de résidence
En CLM ou CLD, informez l'administration de tout changement de résidence et de toute absence du domicile supérieure à deux semaines.
🌱 Temps partiel thérapeutique
Il peut être demandé après un congé ou sans arrêt préalable. La quotité peut être de 50 %, 60 %, 70 %, 80 % ou 90 %, par périodes de 1 à 3 mois, dans la limite totale d'un an.
♿ Reclassement
Si la reprise sur le poste est impossible, un aménagement, une préparation au reclassement ou un reclassement peut être étudié.
| Fin du congé | Formalité possible |
|---|---|
| Congé de maladie de moins de 12 mois | Reprise habituelle, avec adaptation du poste si nécessaire. |
| Congé de maladie de 12 mois consécutifs | Avis favorable du conseil médical avant la reprise. |
| CLM ou CLD | Certificat d'aptitude. Avis du conseil médical après la durée maximale ou dans certaines fonctions particulières. |
| Inaptitude au poste | Aménagement, reclassement, disponibilité d'office ou retraite pour invalidité selon le statut et l'état de santé. |
Les congés annuels non pris à cause d'un congé pour raison de santé sont automatiquement reportés
dans la limite de 4 semaines, pendant une période de 15 mois.
En revanche, les périodes de congé de maladie réduisent les droits à RTT.
Checklist : arrêt maladie dans la fonction publique
Questions fréquentes sur l'arrêt maladie des agents publics
Le fonctionnaire perçoit 90 % de son traitement indiciaire brut pendant 3 mois, puis 50 % pendant 9 mois. Les droits sont appréciés sur une période mobile de 365 ou 366 jours, et chaque nouvel arrêt comporte en principe un jour de carence.
Le fonctionnaire transmet les volets 2 et 3 à son administration dans les 48 heures et conserve le volet 1, qui contient les informations médicales et peut être présenté au médecin agréé en cas de contrôle.
Le contractuel transmet les volets 1 et 2 à la CPAM et le volet 3 à son administration dans les 48 heures. Si le médecin télétransmet les volets médicaux, il remet généralement seulement le volet 3.
Il ne s'applique notamment pas au CLM, au CLD, au Citis, à une prolongation ou rechute pour la même affection après une reprise de 48 heures maximum, ni aux arrêts successifs liés à une même ALD après le premier jour de carence pendant trois ans.
Le CLM concerne une maladie invalidante nécessitant des soins prolongés et peut durer 3 ans. Le CLD est limité à cinq catégories d'affections et peut durer 5 ans. Le CLD est en principe attribué après la première année de CLM à plein traitement.
Non. En FPE, le traitement indiciaire est versé à 100 % pendant un an puis à 60 % pendant deux ans. En FPT et en FPH, il est versé à 100 % pendant un an puis à 50 % pendant deux ans. Les primes suivent aussi des règles différentes.
Non. Le contractuel relève du congé de maladie et, si la maladie est grave, du congé de grave maladie. L'ancienneté exigée pour ce congé est de 4 mois en FPE et de 3 ans en FPT ou FPH.
Le fonctionnaire ne peut reprendre après 12 mois consécutifs de congé de maladie qu'après avis favorable du conseil médical. Selon son état, une reprise, un reclassement, une disponibilité d'office ou une retraite pour invalidité peut être envisagée.
Un fonctionnaire peut demander la reconnaissance d'un accident de service ou d'une maladie professionnelle dans le cadre du Citis. Un contractuel relève des démarches d'accident du travail ou de maladie professionnelle auprès de l'administration et de la Sécurité sociale. Les déclarations et délais ne sont pas ceux d'un simple congé de maladie.
Les congés annuels non pris en raison d'un congé pour raison de santé sont automatiquement reportés dans la limite de 4 semaines pendant 15 mois. Les périodes de congé de maladie réduisent en revanche les droits à RTT.
Pour approfondir seulement si nécessaire
Fiches complémentaires
Ces pages détaillent les contrôles, les arrêts longs, les aides et la reprise.
Premières démarchesOrdre des formalités
Contrôle de l'arrêtObligations et recours
Arrêt de longue duréePréparer la suite
Reprendre le travailRetour et aménagement
Aides financièresBaisse de revenus
Arrêt maladie et CafDéclarations sociales
Affection longue duréeSoins et droits
Médecine du travailAptitude et adaptation
Accident ou maladie professionnelleCitis, déclaration et délais
Formulaire officiel utile
Cerfa n°10170*08 - Avis d'arrêt de travail.
Il s'agit d'un spécimen officiel. Le professionnel de santé le remplit et vous le remet. Site officiel.
Transparence des informations
Sources officielles vérifiées
Cette page a été contrôlée le 14 juillet 2026. Les primes et certaines procédures peuvent dépendre de la fonction publique et de l'employeur.
Service-PublicCongé de maladie du fonctionnaire
Service-PublicJour de carence et exceptions
Service-PublicCLM : conditions, durée et rémunération
Service-PublicCLD : maladies, durée et rémunération
Service-PublicCongé de maladie du contractuel
Service-PublicCongé de grave maladie du contractuel
Service-PublicRôle du conseil médical
Service-PublicTemps partiel thérapeutique du fonctionnaire
Service-PublicReport des congés annuels non pris
Service-PublicRéduction des droits à RTT pendant les congés maladie
Service-PublicCitis : accident de service et maladie professionnelle
Fonction publiqueIndemnisation du CLM et du congé de grave maladie en FPE
Service-PublicCerfa 10170*08, avis d'arrêt de travail
AidFacile présente les règles générales. La DRH, le conseil médical, la CPAM et l'administration employeur restent compétents pour chaque dossier.
À retenir
Identifiez d'abord votre statut et votre fonction publique. Envoyez l'arrêt sous 48 heures aux bons destinataires. Le fonctionnaire relève du congé de maladie, du CLM ou du CLD, tandis que le contractuel relève du congé de maladie et du congé de grave maladie.
L'essentiel de votre fiche
Ordre conseillé : vérifier le statut, transmettre l'arrêt, contrôler la rémunération, demander un congé long si nécessaire et préparer la reprise avec la DRH.
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