Arrêt maladie fonctionnaire : CMO, CLM, CLD et traitement maintenu
Dans la fonction publique, les règles d'un arrêt maladie sont très différentes du secteur privé. Trois types de congés existent selon la gravité de la maladie, et le maintien du traitement a été modifié par une réforme en mars 2025. Voici tout ce qu'un agent public doit savoir en 2026.
📅 Mis à jour le 📖 Lecture : 7 minutes✅ Informations vérifiées, réforme mars 2025 incluse
Les chiffres clés 2026
90 %
Traitement CMO
Depuis mars 2025, les 3 premiers mois en CMO sont rémunérés à 90 % (contre 100 % avant)
1 jour
Carence
Un seul jour de carence au 1er jour de chaque CMO (non rémunéré)
3 types
De congés
CMO, CLM et CLD selon la nature et la durée de la maladie
Les 3 types de congés maladie dans la fonction publique
Contrairement au secteur privé où il n'existe qu'un seul type d'arrêt maladie, la fonction publique distingue trois congés selon la gravité et la durée de la maladie. Chacun a ses propres règles de durée et de maintien du traitement.
Le décret n° 2025-197 du 27 février 2025 a introduit un changement majeur pour le Congé de Maladie Ordinaire (CMO), applicable depuis le 1er mars 2025.
📋 Avant / Après mars 2025
Avant le 1er mars 2025 : pendant les 3 premiers mois de CMO, le fonctionnaire percevait 100 % de son traitement indiciaire brut (plein traitement), puis 50 % pour les 9 mois suivants.
À partir du 1er mars 2025 : le traitement des 3 premiers mois est ramené à 90 % du traitement indiciaire brut. Le passage à 50 % au-delà s'applique toujours pour les 9 mois suivants.
Cette réforme ne concerne que le CMO. Le CLM et le CLD conservent leur régime de plein traitement pendant la première période.
⚠️Le régime indemnitaire (primes) : les primes comme l'IFSE (Indemnité de Fonctions, de Sujétions et d'Expertise) peuvent être maintenues, réduites ou supprimées selon la nature du congé et les décisions de votre administration ou collectivité. Renseignez-vous auprès de votre service RH dès le début de l'arrêt.
Tableau récapitulatif du maintien du traitement
Type de congé
Durée période 1
Rémunération période 1
Durée période 2
Rémunération période 2
CMO
3 mois (90 jours)
90 % traitement
9 mois (270 jours)
50 % traitement
CLM
1 an
100 % traitement
2 ans
50 % traitement
CLD
3 ans
100 % traitement
2 ans
50 % traitement
Accident de service / MP
Sans limite
100 % jusqu'à guérison
—
—
Les démarches : ce que vous devez faire
Contrairement à un salarié du privé qui envoie ses volets à la CPAM, un fonctionnaire transmet son arrêt uniquement à son administration. C'est elle qui gère la rémunération et les démarches auprès des organismes compétents.
1
Obtenir un arrêt de travail de votre médecin
Votre médecin traitant, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme peut établir un avis d'arrêt de travail. Pour le CMO, aucune formalité spéciale n'est requise au-delà de cet arrêt.
Médecin, dentiste ou sage-femme
2
Transmettre l'arrêt à votre administration sous 48h
Envoyez votre avis d'arrêt de travail à votre administration employeur (service RH, responsable hiérarchique) dans les 48 heures suivant son établissement. Par courrier, email ou remise en main propre selon les procédures internes de votre administration.
48h maximum
3
Pour un CLM ou CLD : saisir le conseil médical
Le passage en CLM ou CLD nécessite l'avis du conseil médical compétent. C'est votre administration qui saisit le conseil médical, vous n'avez pas à le faire directement. Vous devrez toutefois fournir des pièces médicales à votre médecin traitant pour qu'il instruise le dossier.
Votre administration s'en charge
4
Respecter les obligations de présence
Comme dans le privé, vous devez être présent à votre domicile pendant les heures de présence obligatoire et vous soumettre aux contrôles médicaux demandés par votre administration. Votre administration peut mandater un médecin agréé pour vérifier votre état de santé.
Mêmes obligations que le privé
La Protection Sociale Complémentaire (PSC) en 2026
Depuis 2022, les employeurs publics ont l'obligation de contribuer à la Protection Sociale Complémentaire de leurs agents. En 2026, ce déploiement est en cours dans les trois versants de la fonction publique (État, territoriale, hospitalière).
La PSC peut compenser la perte de revenu lors du passage au demi-traitement (50 %).
Elle complète le maintien du traitement en CMO, CLM et CLD.
Les garanties varient selon votre versant et votre employeur public, renseignez-vous auprès de votre service RH.
En FPE (État), le contrat collectif est obligatoire depuis 2024. En FPT et FPH, le calendrier est progressif.
💡Bon à savoir : si votre demi-traitement est inférieur aux indemnités journalières de la Sécurité sociale, vous pouvez bénéficier d'une indemnité différentielle versée par la CPAM. Renseignez-vous auprès de votre service RH ou de votre CPAM.
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Questions fréquentes sur l'arrêt maladie des fonctionnaires
Depuis le 1er mars 2025 (décret 2025-197), le fonctionnaire en CMO perçoit 90 % de son traitement indiciaire brut pendant les 3 premiers mois, puis 50 % (demi-traitement) pour les 9 mois suivants. Avant cette réforme, les 3 premiers mois étaient rémunérés à 100 %.
Le CMO concerne les maladies courantes (12 mois max, 90 % puis 50 %). Le CLM concerne des maladies graves reconnues par le conseil médical (3 ans, 100 % puis 50 %). Le CLD concerne 5 maladies particulièrement graves, cancer, tuberculose, troubles mentaux, polio, cardio-vasculaire, (5 ans, 100 % puis 50 %).
Un seul jour de carence s'applique au premier jour de chaque CMO. Ce jour n'est pas rémunéré. Exception : si vous revenez au travail et retombez malade dans les 48 heures, la rechute est assimilée à une prolongation du même arrêt, aucun nouveau jour de carence ne s'applique.
Non. En tant que fonctionnaire, vous transmettez votre arrêt uniquement à votre administration employeur dans les 48 heures. C'est elle qui gère le maintien de votre traitement et les éventuelles démarches auprès des organismes compétents. Vous ne remplissez pas de volets CPAM comme dans le secteur privé.
Cela dépend de la nature des primes et du type de congé. En CMO, les primes comme l'IFSE peuvent être maintenues, réduites ou supprimées selon les règles de votre administration ou collectivité. En CLM et CLD, elles sont généralement suspendues au-delà de 3 mois. Renseignez-vous auprès de votre service RH dès le début de l'arrêt.
En résumé
Dans la fonction publique, trois types de congés maladie existent selon la gravité de votre situation : le CMO pour les maladies ordinaires (90 % puis 50 % sur 12 mois max), le CLM pour les maladies graves reconnues (100 % puis 50 % sur 3 ans), et le CLD pour 5 maladies particulièrement graves (100 % puis 50 % sur 5 ans). Depuis mars 2025, les 3 premiers mois de CMO sont rémunérés à 90 % au lieu de 100 %. Vous transmettez votre arrêt à votre administration dans les 48 heures, pas à la CPAM. La PSC peut compenser la chute de revenu lors du passage au demi-traitement.
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